โครงสร้างสภาการศึกษาคาทอลิกแห่งประเทศไทย ภายใต้การทำงานของคณะกรรมการคาทอลิกเพื่อการศึกษา
(สภาการศึกษาคาทอลิกแห่งประเทศไทย) ประกอบด้วยคณะทำงานจากกลุ่มงานต่างๆ โดยแบ่งออกเป็น 5 ฝ่ายงานย่อย ดังนี้
1. ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อการศึกษา ประธาน : บาทหลวงอนุชา ไชยเดช
2. ฝ่ายวิชาการ ประธาน : ซิสเตอร์ชวาลา เวชยันต
3. สำนักเลขาธิการสภาการศึกษาฯ ประธาน : บาทหลวงเอกรัตน์ หอมประทุม
4. ฝ่ายอัตลักษณ์การศึกษาคาทอลิก ประธาน : อาจารย์สุมิตรา พงศธร
5. ฝ่ายวิจัยเพื่อการพัฒนาการศึกษาคาทอลิก ประธาน : บาทหลวงชาติชาย พงษ์ศิริ